Pemerintahan daerah di Desa Mangunrejo terdiri dari sebagai berikut:
- Kepala Desa : Sarwono
- Sekretaris Desa : Andy Nur Hidayat
- Kepala Dusun Mangunan : Syarif Hidayah
- Kepala Dusun Karangmalang : Pambudiyono
- Kepala Dusun Kuwukan : Syarif Hidayatulloh
- Kepala Dusun Gerdu : Tulus Rekodoyo
- Kepala Dusun Dompon : Sultoni
- Kepala Seksi Pemerintahan : Yuhman
- Kepala Urusan Umum dan Perencanaan : Wagiman
- Kepala Urusan Keuangan : Danie Amrie Dwi Kurniawan
- Kepala Seksi Kesejahteraan dan Pelayanan : Muchamad Zufri
- Staff Kesejahteraan dan Pelayanan : Tuslim Ahmad Samsi